三类医疗器械经营许可证的注销，主要需要遵循以下步骤：

1. 提交注销申请：企业需要向原发证机关提交书面的注销申请，说明注销的原因。

2. 提交相关资料：企业需要提交有效的工商营业执照等相关法定资料。

3. 进行审核：原发证机关会对提交的资料进行审核，确认无误后可进行下一步。

4. 公示注销：原发证机关会在相应的平台或媒体上公示企业的注销信息。

5. 注销许可证：在规定的公示期满后，如果没有异议，原发证机关会正式注销许可证，并将注销信息记入企业的信用档案。

需要注意的是，不同地区可能会有一些具体的差异，具体流程可能需要咨询当地的相关机构。在注销许可证的过程中，也需要确保已经处理好与经营活动相关的所有事宜，包括但不限于顾客服务、供应商合同、员工福利等。